私は、開発上の都合でiPod touch（iPhoneの代用）とAndroidの２台持ちをしていますが、
「iPhoneとAndroidだと、どっちが良いの？」
ということを知りたい人のための参考情報を書いておきます。
こういう比較記事は掃いて捨てるほどありますが、一応、私視点ということで。
ちなみに、iPhoneとiPod touchはだいたい同じです。
Wikipediaに載っていた相違点は以下。
あとは、RAMサイズが若干違ったりします。（iPod touch=256MB/iPhone=512MB）
電話用途以外であればだいたいiPod touchでも同じことができるという認識で問題無いと思います。
■アプリの安全性
割と「iPhoneの方が安全」という認識でまかり通っています。
が、iPhoneも結構微妙。
iPhoneのアプリは、Appleによる審査があります。
結構厳しいことで有名ですが、コードレベルでの解析が100%できるものでもありません。
なので、絶対に安全なアプリしか無いと思ったら痛い目を見ることになるかも。
レベルの低いクラッカーのアプリであれば、すぐに見つかって、マーケットから締め出されて終了ですが。
Androidのアプリは、審査に関してはザルです。
代わりに、マーケットから落とす時に必要な権限（パーミッション）が明記されています。
「ネットワーク通信する」とか「電話機のIDを読み出す」とか「通話をする」・・・などなど。
つまり、落とすアプリのパーミッションが問題無いかちゃんとチェックすれば、問題が起きることは無い筈です。
ただし、root化した端末であればパーミッションを無視して何でもできるからアレですが。
通常、root化した場合メーカー保障が受けられなくなるので、普通の人はまずやらないと思いますが。
iPhoneのアプリの場合、Androidのようなパーミッションの仕組みが無い分、危険。
Androidのアプリの場合、何も考えずにアプリをインストールすると、危険。
つまり、システムの安全性は、
人的なシステムならiPhone、
機械的なシステムならAndroidに分があります。
■操作性
iPhoneだと１つしかボタンが無いから簡単。
Androidは3～４ボタンぐらいあるから若干複雑。
・・・という意見をよく見ますが、全ての操作が１ボタンで済む訳ではないです。。
Androidの3ボタンは、
①機能ボタン（アプリの各種機能を選択するためのボタン）
②ホームボタン（アプリを中断してホーム画面に戻るためのボタン）
③戻るボタン（アプリの操作を１つ前の状態に戻すためのボタン）
というものがあります。（実は正式名称は知らないので、正式名称は違うかも）
だいたい「どのアプリでも概ね共通する操作」があります。
iPhoneの場合、そういったボタンの配置がアプリによって区々なので、操作を覚えるのが面倒。
全てのアプリに共通する操作は「アプリを中断してホーム画面に戻る」のみです。
Androidの場合、上記3ボタンの範囲であれば、全てのアプリを同じボタンで同じ操作できる分、初めて触るアプリも概ね直感的に操作できる場合が多いです。
共通ボタン以外の操作性はアプリ依存。
なので、同じアプリであれば、操作性はAndroidの方が良いと言えると思います。
■ストレージ
普通の携帯電話は、外付けのSDカードをストレージとして使えます。
Androidも外付けのSDカードをストレージとして使えます。
iPhoneは外付けのSDカードが無いので、ストレージとして使えるのは携帯本体のメモリのみ。
なので、iPhoneで大容量のデータを扱う場合、無線LANディスクやクラウドが必須。
「SDカードぐらいついてて当たり前だろ？」
という風に思ってiPhoneを買った後でオワタ状態になった人を何人か知っています。
「よく調べてから買いましょう」ということかもしれませんが。
しかし、常識的に考えて有り得ないと思っていた時期が、私にもあります。
ただ、それでユーザの不満が爆発していないということは、許容範囲の事かな？という認識。
■どちらが良いか？
電話orメールしかしない人なら、ガラパゴス携帯がオススメです。
電池持ちが良いですし、余分な機能は何もついていないので。
アプリをガラケーと同じ感覚で使いたい人であれば、iPhoneがオススメです。
完全にガラケーと同じ感覚で使うと（アプリにできる事が多い分）ちょっと危険ですが。
先述のパーミッションの話が理解できる人の場合は、Androidの方がオススメです。
あと、「あくまでも個人の感想」ですが、個別のアプリの事情でいえば、
・2chをよく使う人 → Androidがオススメ
2chMateが便利です。（現状iPhone用には2chMate程使いやすいビューアが無い）
・ニコニコ動画をスマホで見る人 → Androidがオススメ
iPhoneだと、ブラウザからは見れないので専用アプリが必要ですが、専用アプリの使い勝手が悪い。
ブラウザの方が直感的に操作できます。
そして、Androidならブラウザから見れます。
・Caveシューティングをやりたい人 → iPhoneがオススメ
Android版は、種類が少ないし、対応機種が結構限られています。
ただ、Caveシューティングは結構電池を食うので、スマホよりもiPod touchでやった方が良いかも。
・ツイッターをやる人 → Androidがオススメ
私はツイートしない（ROM専）でツイッターを使っていますが、ガジェット（ホーム画面から記事を見ることができる機能）が便利。iPhoneだと、いちいちアプリを起動する必要があるので面倒。
便利さという面では、iPhoneよりはAndroidの方が良さ気。
あと、Androidでテザリングを設定すれば、iPod touchでも外出先で通信できるので、2台持ちにしたい人の場合、Android＋iPod touch以外の選択肢は無いと思います。
追記（25-Sept, 2012）：
iPhone5でテザリング対応したっぽいので、iPhone5＋Zシリーズという選択肢が増えたかも。
